微生物学科始终围绕贵州省微生物资源可持续利用及食品药物研发的需求，在微生物系统与进化、微生物资源、生理生化、遗传学与种质创新、微生物药与天然药物、药物设计与仿生药物、食品饮料发酵、果蔬保鲜、贮运及加工技术、食品安全等方向，深入开展相关基础及应用基础研究，形成了具有鲜明地方特色的学科群体和突出的比较优势，为地方经济建设及人才培养做出了重大贡献。

本学科属省级重点学科，拥有微生物学、生物化学和发酵工程3个省重点学科，拥有生物学和食品科学2个一级学科硕士点，生物学一级学科博士后流动站，生物学一级学科博士点，药物化学、微生物与生化药学和发酵工程3个二级学科硕士点。本学科在真菌分类与分子系统学、虫生真菌应用价值评估及开发利用、药用植物生态系微生物群落的研究、微生物药与天然药物、药物设计与仿生药物、食品饮料发酵、果蔬保鲜、贮运及加工技术、食品安全等领域具有较强的国内优势，有的达到国际先进水平。近5年来，获科研项目118项，经费3400余万；发表论文500余篇，其中60篇被SCI及EI收录，授权发明专利12项，科研成果转让3项；获贵州省科技进步二等奖2项、三等奖1项。研究成果正在为贵州地方社会经济的发展提供强有力的支撑，某些成果已被国内外其它地区广泛引用。

目前本学科涵盖1个省部共建工程研究中心，5个省部级重点实验室（工程技术中心）；学科团队来自金沙集团3354cc省生化工程中心、金沙集团3354cc、农学院、化工学院等4个学院，该团队有省管专家1人，博导（动物学、植物病理学）2人。包括教授18人，副教授22人，博士学位获得者25人；已培养博士10人。